1999年，杰西加盟校园爱情剧集《Get Real》，和安妮·海瑟薇一起演出 。2001年，杰西出演电视电影《闪电风暴》，在片中饰演小儿子埃里克 。2002年，杰西在《震撼性教育》中首次亮相银幕，饰演情窦初开的少年尼克 。同年，杰西还出演了《天之骄子》。2005年，杰西迎来演艺生涯一个重要的时刻，参演了独立电影《鱿鱼和鲸》。在这部电影里，杰西那种阴郁又闷骚的表演风格也表露无疑。本片的成功也让杰西获得多个电影奖的新人提名。同年，杰西还加盟恐怖片导演韦斯·克雷文的惊悚片《诅咒》 。2007年，杰西先后出演了《狩猎聚会》、《查理·班克斯的教育》等片。还在短片《痴情男孩》中有着不错的表现。2009年，杰西与伍迪·哈里森、艾玛·斯通主演了僵尸喜剧《僵尸之地》 。又和克里斯汀·斯图尔特主演了《冒险园地》 。2010年，杰西在大卫·芬奇执导的《社交网络》中扮演Facebook创始人马克·扎克伯格 。并凭借该片获得第83届奥斯卡金像奖最佳男主角提名 。 同年，杰西还出演了《犹太毒贩》和《野营地狱》两部影片。2011年，杰西主演犯罪喜剧片《惊魂半小时》 。还在“蓝天工作室”的3D动画片《里约大冒险》中为雄性蓝色金刚鹦鹉“布鲁”配音 。 2012年，杰西加盟伍迪·艾伦自导自演的新作《爱在罗马》，在片中与艾伦·佩姬扮演一对夫妇 。同年还客串HBO电视台新剧《新闻编辑室》，该剧于美国当地时间6月24日晚在HBO电视台首播 。2013年，杰西与伍迪·哈里森、艾拉·菲舍尔、戴夫·弗兰科主演《惊天魔盗团》 。同年还与达科塔·范宁主演《夜色行动》 。还搭档米娅·华希科沃斯卡主演了《双重人格》 。2014年2月1日，华纳正式宣布杰西将在《蝙蝠侠大战超人：正义黎明》中饰演光头反派莱克斯·卢瑟 。同年4月11日，由杰西和安妮·海瑟薇领衔配音的3D动画片《里约大冒险2》国内上映 。2015年1月，杰西·艾森伯格将与亚马逊合作，制作一个电视剧项目。杰西将自编自导并亲自担任制作人，开发喜剧《Bream Gives Me the Hiccups》 。2016年3月25日，杰西·艾森伯格加盟的《蝙蝠侠大战超人：正义黎明》在全美上映 。2016年5月，确认回归《正义联盟》 。2016年6月24日，杰西领衔主演的《惊天魔盗团2》在中国院线上映，目前累计票房6.3亿。