1990年在张凯丽、李雪健、黄梅莹共同主演的情感剧《渴望》中担任制片人；该剧是中国第一部长篇室内剧，并获得第9届大众电视金鹰奖优秀连续剧、第11届飞天奖优秀长篇电视剧等奖项 。1991年郑晓龙赴美创办华艺影视录像节目有限公司，在北美地区发行北京电视艺术中心生产制作的电视剧，并独家代理中央电视台中国电视节目代理公司在北美地区的录像节目发行业务 ；同年拍摄了中国首部电视系列喜剧《编辑部的故事》 。1992年他担任了爱情片《大撒把》的编剧 。1993年与冯小刚联合执导了首部全程在美国拍摄的电视剧《北京人在纽约》，该剧获得了第12届大众电视金鹰奖最佳长篇连续剧、第14届全国优秀电视剧飞天奖长篇电视连续剧二等奖等多项奖项 。1996年与中国28家省级电视台签约开办了首个国产电视剧精品剧场《长青藤剧场》 ；同年他还和马来西亚合作拍摄了电视剧《阿郎在北京》 。 2000年执导个人首部电影《刮痧》，该片获得北京市十个一工程奖、华表奖特别奖等奖项 ；同年担任古装剧《少年包青天》的出品人。2001年在古装剧《少年包青天2》中担任出品人。2002年执导的情感剧《永不放弃》播出，该剧被北京市卫生局列为首都医务工作者职业道德教育的教材并获得了第20届中国电视金鹰奖长篇电视剧优秀作品奖 。2005年在孙俪、邓超、殷桃主演的军旅剧《幸福像花儿一样》中担任出品人，该剧播出后获得了第26届飞天奖长篇电视剧三等奖等奖项 ；11月与安战军联合执导了抗战剧《将门风云》 。2006年在张国立、蒋雯丽主演的家庭伦理剧《金婚》中兼任导演与出品人，该剧播出后获得了第24届金鹰奖优秀长篇电视剧奖和第14届上海电视节白玉兰奖最佳电视剧银奖等奖项，郑晓龙凭借此剧获得了第14届上海电视节白玉兰奖最佳导演奖 ；同年执导由何冰、吴越主演的抗战剧《生死十日》 。 2008年拍摄了改编自小说《春草开花》的家庭伦理剧《春草》，该剧在北京电视台影视剧频道播出后以平均收视率7.45位列北京地区电视剧收视率第一名，并获得由上海文广集团颁发的“2008年国产电视剧现实题材奖”以及由北京电视台颁发的“最佳收视贡献奖” 。2010年在胡军、周韵、姜文主演的年代剧《金婚风雨情》中再次兼任导演与出品人，该剧播出后获得了第28届中国电视剧飞天奖提名荣誉奖等奖项 。2011年拍摄了由印小天、齐欢、赵纯阳主演的军旅剧《川东游击队》 ；同年执导的宫廷剧《甄嬛传》播出，该剧获得了第26届中国电视金鹰奖优秀电视剧等多项电视奖项，郑晓龙凭借此剧获得了第18届上海电视节白玉兰奖最佳导演奖 ；此外，他还担任了历史剧《建元风云》的艺术指导。2012年拍摄了聚焦现代都市女性婚恋观的时装剧《女人帮》 ；同年先后执导了《编辑部的故事》的续作《新编辑部故事》和都市情感剧《小两口》 。2014年10月拍摄由孙俪、刘涛主演的古装历史剧《芈月传》 。2015年8月凭借执导的年代剧《红高粱》获得第17届华鼎奖中国百强电视剧最佳导演奖 。2016年10月，凭借执导的古装历史剧《芈月传》及年代剧《红高粱》获第28届金鹰奖最佳导演奖 。执导医疗行业剧《急诊科医生》 。