庵野亦开始进行真人演出电影的拍摄。他的第一部电影，1998年的《狂恋高校生》（原名Love & Pop）是一套具有纪录片风格的电影，内容讲述日本的援助交际。全片大部分以微型DV拍摄，且没有一个固定的画面比例。他的第二部电影是《式日》，以传统的 2.35:1 画面比例拍摄。内容讲述一个失去热情的导演（由著名的独立电影导演岩井俊二饰演）爱上了一个不能面对现实的女人（由原作小说《逃避梦》的作者藤谷文子饰演）的故事。《式日》具有实验电影的性质，但比起《狂恋高校生》有更多的修饰。在2002年庵野制作导演了短片流星课长，曾在2003年台北金马影展播出。庵野的第三部电影是于2004年夏季上画，改编自永井豪的漫画的《甜心战士》（原名Cutie Honey）。这部电影是一部空想英雄片，与他头两套作品的写实风格形成鲜明对比。稍后他监修了OVA版本《Re:Cutie Honey》。