1996年，舒淇从台湾到香港发展，被王晶发掘，主演了《红灯区》、《玉蒲团之玉女心经》。2001年6月25日，美国《时代》亚洲版找来舒琪作为封面人物，并对舒琪进行了专访。2002年，为拍摄吕克·贝松监制的美国动作片《玩命速递》，舒淇在法国逗留了3个多月。同年8月，舒淇出演的《夕阳天使》上映。 2003年，与刘烨主演的《美人草》，这是一部以七十年代云南生产建设兵团知青生活为背景的爱情片，改编自美籍华人作家石小克的小说《初恋》。2004年，舒淇出演中泰合作电影《见鬼2》，“见鬼系列”是陈可辛与彭氏兄弟共同打造的恐怖电影。 2005年，舒淇在古装电视剧《风尘三侠之红拂女》中扮演了唐传奇里的侠女。2月，舒淇主演的《韩城攻略》上映，此片是由香港寰亚电影公司推出的2005年春节贺岁片，耗资港币4000万，也是《东京攻略》的姊妹篇。同年10月27日，由舒淇主演的两部影片《最好的时光》和《怪物》同时上映。电影《最好的时光》是舒淇与导演侯孝贤再次合作，舒淇并以此获得第四十二届金马奖最佳女主角奖。 2006年3月，舒淇从韩国拍了《我老婆是老大3》返港，又接拍了电影《伤城》和金城武上演了吻戏。2009年，凭借《非诚勿扰》获得第13届中国电影华表奖优秀境外华裔女演员奖 。2011年，舒淇主演了侯孝贤导演的第一部武侠电影《聂隐娘》，舒淇饰演的是一位懂得幻术、武功高强的侠女，舒淇这次的片酬高达850万人民币。11月26日，舒淇凭借《不再让你孤单》获得第48届金马奖最佳女主角。其中最佳女主角的入围者有叶德娴，陈妍希，舒淇，秦海璐。 2012年，《情谜》由舒淇和余文乐共同主演，影片中，舒淇饰演的双胞胎姐妹，与余文乐饰演的舞台剧演员阿楠产生了感情关系。2013年，《西游·降魔篇》由文章、舒淇主演。故事围绕年少时期的唐僧与段小姐的相识经过及冒险历程。舒淇饰演的驱魔人段小姐，为陈玄奘降妖除魔，最后为陈玄奘而死。 2015年，主演电影《剩者为王》 。舒淇在电影《鬼吹灯之寻龙诀》中饰演爱好考古的美籍华人Shirley杨；该片上映8天票房超过10亿元 。同年，主演了爱情喜剧《我最好朋友的婚礼》中国版 。2016年，1月新电影《健忘村》在台湾垦丁取景拍摄 。7月参演冯德伦执导的新片《The Adventures》，在捷克拍摄 。