环球时代1999年将国语唱片签约于宝丽金唱片旗下，1月推出首张国语同名专辑《Tanya蔡健雅》，专辑入选中国时报票选十大中文专辑、音乐人交流协会年度十大专辑，凭借此专辑入围第11届台湾金曲奖最佳新人奖，专辑歌曲《好无聊》获得新加坡993 HITS AWARDS 最佳作曲奖，《呼吸》获得音乐人交流协会年度十大单曲 ；12月在新加坡发行英语专辑《Luck》，其中包括由陶喆制做的《The Wicked Signs of Trying to Be A Superstar》。2000年宝丽金唱片并入环球唱片旗下，3月发行国语专辑《记念》；为电影《Chicken Rice War 鸡缘巧合》谱写主题曲，并在该电影演出。2001年发行国语专辑《I Do Believe》 ；12月发行国语新歌精选辑《默契》后与环球时代结束合约 。华纳时代2002年，日本S2S Tracks 挑选了蔡健雅曾发行过的七首英文曲，发行《Secret Lavender》专辑。同年以《打错了》作曲者身份入围第13届台湾金曲奖最佳作曲人奖，并同时入围最佳国语演唱人奖 ；在新加坡发行英语专辑《Jupiter》 。2003年将国语唱片签约于台湾华纳唱片旗下，并于6月6日发行《陌生人》专辑 ；7月6日在淡水渔人码头举办演唱会，并发行《Jupiter》台压版 。2004年首度担任制作人，替梁咏琪制作《归属感》专辑 ；同年以《陌生人》入围台湾第15届金曲奖最佳国语女演唱人奖，入选音乐人交流协会选出的10大专辑之一 。2005年发行专辑《双栖动物》，收录包括和孙燕姿合唱的《原点》 。2006年发行新歌精选辑《T-Time》 ；同年以《双栖动物》入围第17届台湾金曲奖最佳国语流行音乐演唱专辑、最佳专辑制作人、最佳国语女演唱人，获得最佳国语女演唱人奖 。同年10月，和台湾华纳约满，结束合作关系；并于同月9日结束与 Music & Movement 的经纪合约。独立制作与Music & Movement结束合约后，与母亲合资成立了天一娱乐有限公司（Tangy Music Entertainment LP Singapore），开始独立制作阶段。2006年12月3日，参与台北简单生活节演出。2007年5月将国语唱片发行权签于亚神音乐旗下 ；6月担任张震岳专辑《OK》主打歌《思念是一种病》的女合声 ；7月6日及7月8日分别参与白色海洋音乐祭与贡老挝际海洋音乐祭演出；10月19日发行由她自己制作的专辑《Goodbye & Hello》 ；12月与戴佩妮一起于台北新舞台举办共同售票演唱会 。2008年3月于香港、7月于台湾、12月于上海举办个人售票演唱会 ；12月7日参与台北简单生活节演出；7月推出专辑《My Space》，专辑内容包括1月北京小型演唱会现场录音和三首demo ；同年以《Goodbye & Hello》入围第19届台湾金曲奖最佳年度歌曲奖、最佳国语专辑奖、最佳作曲人奖、最佳专辑制作人奖、最佳国语女歌手奖，获得了最佳专辑制作人奖和最佳国语女歌手奖 。2009年移居台湾；8月19发行《若你碰到他》，凭此专辑入围台湾第21届台湾金曲奖流行音乐类最佳作曲人、最佳国语女歌手、最佳国语专辑奖、最佳专辑制作人奖 。2011年发行国语专辑《说到爱》和英文专辑《Just say so》，凭借《说到爱》入围第23届台湾金曲奖最佳年度歌曲奖、最佳国语专辑奖、最佳作曲人奖、最佳编曲人奖、最佳专辑制作人奖、最佳国语女歌手奖，获得最佳国语女歌手奖 。2013年发行专辑《天使与魔鬼的对话》，入围第25届台湾金曲奖最佳国语女演唱人奖 。2014年和2015年作为导师参加CCTV-3综艺节目《中国好歌曲》第一季和第二季；2014年8月9日，在高雄巨蛋举办《美丽突然发发生》演唱会 ；11月，携手红牛不插电巡演郑州 。2015年，为电影《澳门风云Ⅱ》创作并演唱主题曲《停格》，这不仅是她首度为电影量身谱写主题曲，也是她和姚谦暌违10年的再度合作 ；6月，担任第16届华语音乐传媒大奖形象大使 ；11月，发行专辑《失语者》，首次尝试运用实验电子的音乐形式 ，该专辑于次年获第27届台湾金曲奖六项提名 。