1990年，迈克尔·爱默生在自己的影视处女作电视电影《Orpheus Descending》中扮演了小角色Clown 。1997年，他和后来的妻子Carrie Preston一起参与拍摄了他的大荧幕处女作《旅程》 。1998年，在电影《双傻出海》和《随心所欲》也可以看到他的身影 ；1999年上映的电影《棒球之爱》中，他和吉娜·马隆合作参与演出 。2000年，迈克尔·爱默生客串出演了连续剧《律师本色》的第五季，他凭借本次客串表演获得2001年第53届艾美奖剧情类剧集最佳客串男演员奖 。2002年，他在电影《不忠》出演了配角Josh ；2003年，在连续剧《寻人密探组》有过客串演出 。2004年，他在电影《电锯惊魂》中出演了配角Zep Hindle；2005年上映的电影《佐罗传奇》中，也可以见到身影 。2006年，迈克尔·爱默生在美剧《迷失》第二季开始出演配角Ben Linus ，直到2010年此剧剧终，他一直留在了这部连续剧中 。迈克尔·爱默生凭借本剧在2011年获得第67届金球奖最佳电视剧男配角的提名 ，赢得2009年艾美奖剧情类剧集最佳男配角奖和另外三次此奖的提名，赢得2008年土星奖最佳电视男配角奖和另外四次此奖的提名 。2011年，迈克尔·爱默生开始在连续剧《疑犯追踪》中出演主角Harold Finch，他在本剧中和另一位主演詹姆斯·卡维泽上演对手戏 。在2012年的动画电影《蝙蝠侠：黑暗骑士归来（上）》和2013年的动画电影《蝙蝠侠：黑暗骑士归来（下）》中，迈克尔·爱默生为小丑配音 。